財政繼續通過以獎代補方式，對畜牧大縣畜禽糞污資源化利用工作予以支持。、財政部根據全國畜牧大縣分布等因素，分省確定2018年獎補的項目縣控制數量指標，并結合各省現有工作基礎，確定整省、整市推進的地區。財政根據項目縣數量測算下達分省獎補資金。
省級畜牧、財政部門要嚴格按照、財政部確定的項目縣控制數量指標，在全國畜牧大縣名單范圍內（其中生豬大縣以財政部2018年下達生豬調出大縣獎勵資金的縣級區域為準），按照公開、公平、公正的原則擇優遴選確定項目縣，其中整省、整市推進的要實現畜牧大縣全覆蓋。
為體現激勵約束，強化地方政府和市場主體責任，財政獎補資金分年度安排，2018年先安排一部分資金，績效考核合格后再安排后續資金。
1、為提高資金使用效率，在財政獎補資金安排上，原則上對豬當量（以生豬、牛存欄量折算豬當量）為50萬頭以下的項目縣，累計補助上限為3500萬元；
2、豬當量為51—70萬頭的項目縣，累計補助上限為4000萬元；
3、豬當量為71—99萬頭的項目縣，累計補助上限為4500萬元；
4、豬當量為100萬頭以上的項目縣，累計補助上限為5000萬元。各省可根據財政獎補資金規模，結合本地畜禽糞污資源化利用實際情況，自主確定補助方式、對象和標準，總體上要兼顧平衡、突出、集中投入。
財政獎補資金支持兩方面內容：
一是以農用有機肥和農村能源為，支持三方處理主體糞污收集、貯存、處理、利用設施建設，推行專業化、市場化運行模式，促進畜禽糞污轉化增值。
二是支持規模養殖場是中小規模養殖場改進節水養殖工藝和設備，建設糞污資源化利用配套設施，按照種養匹配的原則配套糞污消納用地，或者委托三方進行處理，落實規模養殖場主體責任。
各地要發揮獎補資金的引導作用，創新投入機制，通過政府與社會資本合作（PPP）、政府購買服務等方式，撬動金融和社會資本參與畜禽糞污資源化利用，加快建立有效的可持續運營長效機制。
1、在確保財政獎補資金的前提下，可通過貸款貼息、設立基金等方式支持畜禽糞污處理基礎設施建設。
2、整省、整市推進的地區要切實加大財政投入力度，完善支持政策和監管措施，堅持政策激勵與執法監管并重，做到畜牧大縣和非畜牧大縣同步治理，提前一年實現“十三五”畜禽糞污資源化利用目標任務。
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