生物有機肥主要作用是其所添加的功能菌即有益微生物，這種肥料一方面是把土壤中現有的好的微生物讓它長得更快，另外一方面把土壤中缺的這些好的微生物，想辦法引進去，這里面所謂的好的微生物，就是指那些能夠活化根際土壤養分和產生根系促生物質、降解有機污染物和轉化無機污染物形態以及抵抗土壤中病原微生物入侵根系等有益微生物。這就是生物有機肥的主要作用。一句話，土壤中有益微生物缺乏，有害微生物就越多，作物根系和土壤就容易得病，抵抗力差，這就是增施生物有機肥的原因。
那么微生物的糧食是什么呢？
答案是：有機質，微生物進入土壤的主要糧食就是有機質。
但，問題是目前我們的大多土壤中的缺的就是有機質，試想如果在土壤有機質匱乏的地塊中使用生物有機肥，那么它的肥效就很難保障！
所以，使用菌肥首先要考慮補充土壤有機質，同樣，有機肥和菌肥搭配使用效果好的說法，也是這么來的。
另外，考慮到生物有機肥主要成分為生物活性菌，我們在使用過程中還需注意以下問題。
1、微生物見殺菌劑就死亡，生物有機肥不能與殺菌劑混合使用。
2、微生物見紫外線就死亡，避免在中午紫外線強的時候使用，建議早上或者下午和陰天使用，使用后要立即覆土。
3、生物有機肥都是有保質期的，越接近保質期菌的活性越難保證，建議購買使用時要特別注意這一點。使用生產日期越近越好。
4、菌肥是一種活性菌，施用時埋于土壤中，不能撒施于地表。
5、開袋后的菌肥如果當天沒有用完，一定要注意100%密封保存，以免活性菌揮發影響再次使用效果。
土壤中有足夠的有機物或腐殖質時才能被微生物菌利用，進而使土壤微生物快速繁衍，激活營養元素。
而土壤微生物顯著的成效就是分解土壤有機質，比如作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機肥料等，只有經過微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養元素，供作物利用，并形成腐殖質，改善土壤的結構和耕性。
同時微生物在自己的生活過程中，通過代謝活動的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機酸等有助于土壤粒子形成大的團粒結構，終形成意義上的健康土壤。
話說回來，土壤中的有機質充足，加強了土壤有益微生物的活動，從而大限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長發育，促進作物生長，終達到增產增收的目的。
另外，這些通過篩選加入的有益功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，控制或拮抗土壤有害病原菌的生長繁殖，這就減輕了土壤及作物根系發生病害的程度，進而起到增加產量的作用。這也就是為什么增施“生物有機肥”可以改善土壤環境、提高作物病害，增加產量的原因。
