生物有機(jī)肥主要作用是其所添加的功能菌即有益微生物，這種肥料一方面是把土壤中現(xiàn)有的好的微生物讓它長(zhǎng)得更快，另外一方面把土壤中缺的這些好的微生物，想辦法引進(jìn)去，這里面所謂的好的微生物，就是指那些能夠活化根際土壤養(yǎng)分和產(chǎn)生根系促生物質(zhì)、降解有機(jī)污染物和轉(zhuǎn)化無機(jī)污染物形態(tài)以及抵抗土壤中病原微生物入侵根系等有益微生物。這就是生物有機(jī)肥的主要作用。一句話，土壤中有益微生物缺乏，有害微生物就越多，作物根系和土壤就容易得病，抵抗力差，這就是增施生物有機(jī)肥的原因。
那么微生物的糧食是什么呢？
答案是：有機(jī)質(zhì)，微生物進(jìn)入土壤的主要糧食就是有機(jī)質(zhì)。
但，問題是目前我們的大多土壤中的缺的就是有機(jī)質(zhì)，試想如果在土壤有機(jī)質(zhì)匱乏的地塊中使用生物有機(jī)肥，那么它的肥效就很難保障！
所以，使用菌肥首先要考慮補(bǔ)充土壤有機(jī)質(zhì)，同樣，有機(jī)肥和菌肥搭配使用效果好的說法，也是這么來的。
另外，考慮到生物有機(jī)肥主要成分為生物活性菌，我們?cè)谑褂眠^程中還需注意以下問題。
1、微生物見殺菌劑就死亡，生物有機(jī)肥不能與殺菌劑混合使用。
2、微生物見紫外線就死亡，避免在中午紫外線強(qiáng)的時(shí)候使用，建議早上或者下午和陰天使用，使用后要立即覆土。
3、生物有機(jī)肥都是有保質(zhì)期的，越接近保質(zhì)期菌的活性越難保證，建議購買使用時(shí)要特別注意這一點(diǎn)。使用生產(chǎn)日期越近越好。
4、菌肥是一種活性菌，施用時(shí)埋于土壤中，不能撒施于地表。
5、開袋后的菌肥如果當(dāng)天沒有用完，一定要注意100%密封保存，以免活性菌揮發(fā)影響再次使用效果。
土壤中有足夠的有機(jī)物或腐殖質(zhì)時(shí)才能被微生物菌利用，進(jìn)而使土壤微生物快速繁衍，激活營(yíng)養(yǎng)元素。
而土壤微生物顯著的成效就是分解土壤有機(jī)質(zhì)，比如作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機(jī)肥料等，只有經(jīng)過微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營(yíng)養(yǎng)元素，供作物利用，并形成腐殖質(zhì)，改善土壤的結(jié)構(gòu)和耕性。
同時(shí)微生物在自己的生活過程中，通過代謝活動(dòng)的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機(jī)酸等有助于土壤粒子形成大的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，終形成意義上的健康土壤。
話說回來，土壤中的有機(jī)質(zhì)充足，加強(qiáng)了土壤有益微生物的活動(dòng)，從而大限度促使有機(jī)物分解轉(zhuǎn)化，產(chǎn)生多種營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)和刺激性物質(zhì)，反過來又刺激微生物的生長(zhǎng)發(fā)育，促進(jìn)作物生長(zhǎng)，終達(dá)到增產(chǎn)增收的目的。
另外，這些通過篩選加入的有益功能性微生物在作物根系周圍形成優(yōu)勢(shì)種群，控制或拮抗土壤有害病原菌的生長(zhǎng)繁殖，這就減輕了土壤及作物根系發(fā)生病害的程度，進(jìn)而起到增加產(chǎn)量的作用。這也就是為什么增施“生物有機(jī)肥”可以改善土壤環(huán)境、提高作物病害，增加產(chǎn)量的原因。
