傳統的農家肥就是由糞便和秸稈漚肥發酵而成。但是由于發酵周期較長，常常需要幾個月的時間去堆積，且肥料較化肥來說速度緩慢。所以造成了化肥施用過量，導致土壤板結和鹽漬化。但有機肥料（也就是完全腐熟的農家肥）卻可以很好的改善土壤結構，增加土壤有機質，所以有機肥的肥效利用以及發酵生產周期一直是個問題。
現在隨著科技的發展，一些可以促進發酵進程的菌種被研發出來，還能達到除臭的效果。一些賣發酵菌種的廠家，都會告訴我們，他的菌種腐熟迅速，然而實際上都有些過于夸張。有機肥設備生產廠家告訴我們，發酵主要分為兩個階段：
1.高溫階段：
添加菌種，除臭、打破菌細胞，殺滅糞便以及秸稈中的病原菌、蟲卵以及雜草種子等等；增加發酵的起始溫度，在48小時內即可升溫至55℃以上；臭味逐漸消失，病蟲草害種子等紛紛死去，幾天后產生白色菌絲并布滿表面。
需注意的是：
整個發酵屬于好氧發酵，然而堆肥發酵主要是以堆肥升溫為主，所以堆體內的氧氣會逐漸減少，同時溫度過高會導致發酵時產生的有益菌失活，從而導致發酵緩慢甚至停止發酵。
2.中低溫階段：
經過前期的腐熟，下一部就是分解：主要是將糞便以及秸稈中的高分子有機質，分解為小分子物質。這樣才有利于土壤的吸收和利用，更有利縮短施肥的肥效釋放時間。此階段需要7~10天左右的時間，發酵溫度基本在30~45℃，所以又成為中低溫階段。
需注意的是：
此階段不可省略，因為后期將小分子分解出來，才會不再臭味復發；同時，有機肥施肥效果緩慢，高分子的有機質會增加土壤的分解能力，無法及時的緩解土壤板結、鹽漬化等問題嚴重的地區。
每年我國生產大量的畜禽糞便，但是因為環保意識不到位，38億噸左右的糞便，有一半以上的糞便污水以及生活污水，直接排到了田間、河水中，不僅污染當地氣候環境，還影響人們的日常生活。再加上每年的秸稈產生量能達到9億多噸，而利用率也不到五成左右，每年秸稈焚燒屢禁不止，對環境也是一種污染。
這些糞便和秸稈資源，對于環境是一種污染，對于農業生產卻是寶貴的有機肥肥料來源。近兩年來，政府也相繼出臺了各種有關于養殖廠禽畜糞便無害化處理的規范標準，對于符合標準的有機肥生產設備可申請補貼。
