有機肥料原料廣泛，不同原料加工的有機肥料養分差別很大，不同種肥料在不同土壤中的反應也不同。因此，施肥時應根據肥料性，•采取相應的措施，提高作物對肥料的利用率。
各類有機肥料中以氨基酸肥的性能更好，不僅含有豐富的有機質，還含有豐富的養分，對改善作物品質作用明顯，是西瓜、花卉等作物的理想用肥。由于其養分量較高，既可做底肥，也可做追肥，盡量采用穴施、溝施，每次用量要少。
秸桿類有機肥料的有機物含量高，這類有機肥料對增加土壤有機質含量，培肥地力作用明顯。秸稈在土壤中分解較慢，秸稈類有機肥料適宜做底肥，肥料用量可加大。但氮、磷、鉀養分含量相對較低，微生物分解秸稈還需消耗氮素，要注意秸稈有機肥料與氮磷鉀化肥的配合。
畜禽糞便類有機肥料的有機質含量中等，氮、磷、鉀等養分含量豐富，由于其來源廣泛，使用量比較大。但由于其加工條件的不一樣，其成品肥的有機質和氮、磷、鉀養分差別，選購使用該類有機肥料時應注意其質量的判別。以純畜禽糞便工廠化快速腐熟加工的有機肥料，其養分含量高，應少施，集中使用，一般做底肥使用，也可做追肥。含有大量雜質，采取自然堆腐加工的有機肥料，有機質和養分含量均較低，應做底肥使用，量可以加大。另外，畜禽糞便類有機肥料一定要經過滅菌處理，否則容易給作物和人、畜傳染疾病。
綠肥是經人工種植的一種肥地作物，有機質和養分含量均較豐富。但種植、翻壓綠肥一定要注意茬口的安排，不要影響主要作物的生長。綠肥一般有固氮能力，應注意補充磷鉀肥。
垃圾類有機肥料的有機質和養分含量受原料的影響，很不穩定，每一批肥料的有機質和養分含量都不一樣，一般含量不高，適宜做底肥使用。由于垃圾成分復雜，有時含有大量對人和作物及有害的物質，如重金屬、放射性物質等，使用垃圾肥時對加工肥料的垃圾來源要弄清楚，含有有害物質的垃圾肥嚴禁施用到蔬菜和糧食作物上，可用于人工綠地和綠化樹木。
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